Каждая миссия управлялась обычно двумя монахами: старший из них являлся настоятелем и осуществлял, если можно так выразиться, общее руководство; в обязанности же его викарного помощника вменялось практическое заведование хозяйством. Как католические священники, все здешние миссионеры состояли в подчинении апостолического префекта или епископа Соноры, однако, как монахи-францисканцы, они были непосредственно подвластны лишь президенту своего ордена в Испанской Калифорнии.

Для поддержания порядка и охраны от «диких» при каждой миссии состояло непременное воинство в образе одного унтер-офицера и четырех рядовых. Помимо этого, существовали еще и небольшие отряды так называемых вакеров.